La noche del 24 de septiembre de 1963 Juan Bosch se encontraba disfrutando de la presentación del Ballet Folklórico de México en el campamento 27 de Febrero cuando de repente fue solicitado para dirigirse al Palacio Nacional porque los jefes de las Fuerzas Armadas deseaban conversar con él.
Ya había llegado la madrugada del 25 de septiembre cuando ocurrió el hecho. La luz del sol ya estaba asomándose y los medios anunciaban el golpe de Estado. “Deponen a Juan Bosch de Presidencia… Triunvirato asumirá el poder…”. El profesor Juan Bosch fue apresado por los militares.
Pidieron el exilio de Bosch. El golpe ya se veía venir, pues en una ocasión, mientras Bosch se encontraba en su residencia del kilómetro 7, el director nacional de Seguridad lo visitó para informarle que en algunos cuarteles se rumoreaba movimientos conspirativos. Ante esto Bosch realizó varias llamadas telefónicas a quien en ese entonces era ministro de las Fuerzas Armadas, Victor Elby Viñas Roman; al jefe de la Fuerza Aérea, Atila Luna, y a otros jefes militares, pero de ninguno obtuvo respuesta, según él, ya estaban bajo el control de la misión militar norteamericana. También intentó comunicarse con el coronel Rafael Tomás Fernández Domínguez, pero fue inútil, fue en horas de la noche cuando este llegó a la residencia del entonces presidente dominicano. Bosch le explicó que en cualquier momento se podría producir el Golpe “en caso de que se produzca, coronel, tome usted el Palacio Nacional y si es necesario tomarlo por asalto, hágalo”.
A Fernández Domínguez lo que le dijo el presidente no le pareció, le dijo que en caso de que el Palacio sea tomando por asalto “su vida correría peligro”, pero Bosch agregó que eso no le importaba “y si me matan esa será una lección que tendrán los militares dominicanos”.
Bosch también tenía un presentimiento con el coronel Elías Wessin y Wessin. Quería que sea retirado de las Fuerzas Armadas por supuestas actividades conspirativas, pero según los militares a los que Bosch dio la orden, el problema no era Wessin, sino “el avance del comunismo, que estaba destruyendo al país”.
El jefe de Estado no se había dado cuenta de que justo en ese momento, el coronel Fritz Long, agregado militar de la embajada norteamericana, se encontraba en las oficinas dando órdenes. La fecha del golpe nunca estuvo programada, podría haber sido cualquiera
Fue a mediados de septiembre que empezaron a surgir situaciones, como cuando los grupos empresariales convocaron protestas durante varios días, cosa que le había llamado la atención a los militares y fue una señal para producir el golpe.
El profesor Bosch, justo antes del Golpe, había salido del país, ya que el 13 de septiembre viajó a México. Esa misma noche el presidente del Antiguo Consejo de Estado, Rafael Bonnelly, había pronunciado un discurso anti boschista, pero no sucedió nada. Bosch volvió al país el 17, el ambiente no estaba del todo bien, las huelgas ya se estaban organizando.
La noche del hecho, cuando Bosch se reunió en el Palacio con los militares y solicitó la separación de Wessin y Wessin de las Fuerzas Armadas, no agradó. Los altos jefes militares se reunieron por separado y consultaron a Miguel Atila Luna Pérez, jefe de aviación. Más tarde al Palacio llegaron los coroneles Guaruen Cabrera y Alvarez Albizu para decirle a Bosch que no aceptaban cambios. Eran las 4:00 de la madrugada ya, según los diarios de la época, estuvieron con Bosch, lo presionaron y así se hizo el Golpe.
Bosch escribió una carta que se publicó el 26 de septiembre, antes de su exilio: “Al pueblo dominicano: Ni vivos ni muertos, ni en el poder ni en la calle, se logrará de nosotros cambiar nuestra conducta.
Nos hemos opuesto y nos opondremos siempre a los privilegios, al robo, a la persecución y a la tortura. Creemos en la libertad, en la dignidad y en el derecho del pueblo dominicano a vivir y a desarrollar su democracia con libertades humanas pero también con justicia social.
En siete meses de gobierno no hemos derramado una gota de sangre ni hemos aceptado que un centavo del pueblo fuera a parar a manos de los ladrones. Hemos permitido toda clase de libertades y hemos tolerado toda clase de insultos porque la democracia debe ser tolerante.
Pero no hemos tolerado persecuciones ni crímenes ni torturas ni huelgas ilegales ni robos, porque la democracia respeta al ser humano y exige que se respete el orden público y demanda honestidad. Los hombres pueden caer, pero los principios no. Nosotros podemos caer, pero el pueblo no debe permitir que caiga la democracia. La democracia es también del pueblo y a él le toca defenderla. Mientras tanto aquí estamos, dispuestos a seguir la voluntad del pueblo”.
El 28 de septiembre fue llevado a Puerto Rico y el 28 de abril de 1965 pedían el regreso al poder de Bosch. Previo a este atentado, cuando Bosch llegó al poder el 27 de febrero de 1963, en el país había mucho entusiasmo, las expectativas eran muy altas, pues entre las medidas de Bosch estaba promulgar una nueva Constitución. La construcción de varias obras hidroeléctricas. Confiscar los bienes de la familia Trujillo.
El escritor y fundador del Partido Revolucionario Dominicano (PRD) ganó el poder el 20 de diciembre de 1962 con 619,491 votos, frente a los del doctor Viriato Fiallo que obtuvo 317,327.
El PRD obtuvo el 58.7% y la Unión Cívica Nacional (UCN) el 30.1%. Con el paso del tiempo, el exjefe de Estado Juan Bosch acusó a militares de la embajadora norteamericana de ser los organizadores del golpe. No culpó a la iglesia y en una ocasión dijo que durante sus siete meses de gobierno nunca recibió apoyo de la posición de la Iglesia Católica. También noto que su gobierno no fue derrocado por asuntos de corrupción, sino por las condiciones que existían en Haití, desconocía de la situación que se estaba presentado con ese país. La llegada al poder de Juan Bosch fue el primer gobierno democrático que llego luego de la dictadura de los 61 años de Rafael Leonidas Trujillo.